Istotna część współpracy Wydziału z jednostkami naukowo-badawczymi krajowymi realizowana jest obecnie poprzez uczestnictwo w Programach Operacyjnych (aktualnie 7 programów POIG i POKL oraz 4 programy inwestycyjne). Wydział tradycyjnie współpracuje z innymi jednostkami poprzez realizację zleceń z przemysłu (kopalnie), instytutów badawczych i jednostek PAN, szpitali, szkół wyższych, innych wydziałów AGH, spółek, fundacji i osób fizycznych. W ramach finansowania projektów badawczych z MNiSW i NCBiR również często tworzone są zespoły z udziałem pracowników innych uczelni oraz małych i średnich przedsiębiorstw.
Jako przykładowe, instytucje z którymi Wydział prowadzi bezpośrednią współpracę można wymienić: ABB, ENION, COMARCH, MOTOROLA, DELPHI, SOLIDEX, GE POWER CONTROLS, APRISO, ABG, KOMEL, ENERGOPROJEKT Kraków.
Przykładem działań opartych na szeroko zakrojonej współpracy jest również powstanie na AGH z udziałem Wydziału EAIiE Małopolsko-Podkarpackiego Klastra Czystej Energii, którego celem jest zbudowanie platformy współdziałania przedsiębiorstw, samorządu, uczelni wyższych i instytucji otoczenia biznesu w celu pozyskania czystej energii.
Rozwijana i doskonalona jest implementacja platformy technologicznej Smart Grids w elektroenergetyce.
